La chiesa, costruita negli anni 1499-1515 dai francescani osservanti, è famosa per il grandioso affresco sul tramezzo con Storie della Passione di Gesù (1529), capolavoro del pittore Bernardino Luini (ca. 1480- ca. 1531), la cui opera rappresenta uno degli esiti più alti della pittura del Rinascimento lombardo, d’influenza leonardesca; pure del Luini sono gli affreschi della Madonna con Gesù Bambino e S. Giovannino (nella prima cappella laterale) e l’Ultima Cena (sulla parete sud della navata), entrambi già nel convento annesso.
La chiesa si trova in fondo a via Nassa, la via glamour di Lugano facilmente raggiungibile a piedi dall’Hotel Federale, all’entrata della nuovissima piazza del LAC (centro Lugano Arte e Cultura) ed entrata sud della città di Lugano. Spettacolare è anche il chiostro interno del vecchio convento, riconvertito ora in una sala per ricezioni e uffici del nuovo centro LAC.